Więźniowie cierpieli straszliwy głód, gdyż racje żywnościowe były głodowe, a przy tym byli okradani z przysługującego im jedzenia przez wydzielających żywność, którzy rekrutowali się spośród przestępców kryminalnych narodowości niemieckiej. Dowodem dużej dojrzałości i siły charakteru Franciszka Blachnickiego jest fakt, iż pomimo tragicznych warunków potrafił dzielić się z innymi swoim chlebem oraz pocieszać towarzyszy niedoli. Taką postawą nie pozwolił zdeptać swej godności.
Wszyscy więźniowie byli zmuszani do ciężkiej pracy w komandach. Praca trwała 11 godzin. Franciszek Blachnicki wraz z innymi więźniami na początku był zatrudniony przy odgruzowaniu bloków zniszczonych w trakcie kampanii wrześniowej. Przygotowywano teren pod rozbudowę obozu. Później zasypywano dół po ujeżdżalni koni. Pracy często towarzyszyło bicie.
Franciszek Blachnicki pracował w kompanii po raz pierwszy w okresie od września 1940 r. do połowy stycznia 1941 r. Przebywał wtedy w bloku 13., po zmianie numeracji w 11., nazwanym przez więźniów "Blokiem Śmierci".
Dla karnej kompanii oraz dla księży wymyślono pracę przy walcu wygładzającym drogi. W trakcie pracy na poboczu stali SS-mani i bili więźniów. Franciszek Blachnicki starał się w takich sytuacjach ustępować miejsca starszym więźniom i szedł bardziej na brzeg walca, narażając się tym samym na bicie.
Jego pierwszy pobyt w karnej kompanii trwał ok. 4,5 miesiąca. Był to niezwykle długi okres czasu. Jeden z hitlerowskich oficerów Krankenmann często znęcał się nad Franciszkiem Blachnickim, jednak szczęśliwym trafem nie pozbawił go życia, gdyż w trakcie czwartego miesiąca przebywania w karnej kompanii Franciszek zachorował na tyfus głodowy i w krytycznym dla niego momencie, dzięki pomocy kolegów oraz na podstawie decyzji lekarza, dostał się do obozowego szpitala, który mieścił się w ówczesnym bloku 16. Chorzy więźniowie leżeli stłoczeni po kilku na jednym sienniku, byli żywieni gorzej niż inni więźniowie, zaś przydziały leków były minimalne. Pomimo ciężkich warunków udało mu się przezwyciężyć chorobę i znaleźć się wśród czterech osób, które przeżyły w tym czasie karną kompanię. W szpitalu Franciszek Blachnicki przeżył zadziwiające wydarzenie, bowiem oprawca z karnej kompanii, Krankenmann przyniósł mu bochenek chleba i margarynę.
Pełniąc tę służbę, brał udział w przemycaniu informacji dotyczących wydarzeń obozowych. Przekazywał je przewożąc w bańce na mleko o podwójnym dnie. Informacje te mówiły kto zginął, bądź kto nowy przyszedł do obozu. Niemcy podejrzewali, że wiadomości są przemycane z terenu obozu, ponieważ na Zachodzie pojawiły się wówczas pierwsze informacje o prawdziwym obliczu oświęcimskiego obozu. W związku z tym prowadzono intensywne śledztwo celem ustalenia sposobu przekazywania wiadomości oraz osób zamieszanych w tę działalność.
Dostał się do bunkra o ponurej sławie, bowiem dokonano tam licznych mordów. Franciszek przebywał w nim już wcześniej, w trakcie pierwszego pobytu w kompanii karnej. Lecz kiedy trafił tam po raz drugi - za przemyt informacji, było to już więzienie śledcze, w którym wykonywano ogromną liczbę wyroków śmierci. SS-man Palitsch oburzał się na Blachnickiego, że jako Ślązak spiskuje przeciw Niemcom, stwierdził, że żywy stamtąd nie wyjdzie.
W bunkrze osadzono go 20 II 1941 roku. Śledztwo w jego sprawie trwało prawie miesiąc. Po zakończeniu śledztwa każde wywołanie mogło być uważane za przeznaczenie na śmierć. Wtedy też odbywał się komisyjny przegląd więźniów - selekcja, wynikająca najczęściej z przepełnienia bunkra. W wyniku decyzji kierownika oddziału politycznego każdy więzień mógł być rozstrzelany, zwolniony z bunkra do obozu, skazany na dalszy pobyt w celi, bądź przeniesiony do karnej kompanii. Ten ostatni rodzaj kary zastosowano wobec Franciszka Blachnikiego. Miało to miejsce 17 III 1941 r. Decyzja ta zbiegła się z przybyciem do Oświęcimia tarnogórskiego oficera SS Hartmanna, który chciał zdobyć wiadomości o Blachnickim, gdyż prowadzono przeciw niemu postępowanie przygotowawcze do procesu. Być może to Hartmann przyczynił się do zwolnienia Franciszka Blachnickiego z bunkra.
W trakcie powtórnego pobytu w karnej kompanii traktowano go już "ulgowo" jako "weterana" obozowego, i przeznaczano do niezbyt ciężkiej pracy, choć SS-man Krankenmann, który nie był już wtedy komendantem kompanii karnej, usiłował zmienić jego pozycję, podburzając strażników przeciwko skazanemu. Wysiłki te okazały się bezowocne.
Na początku sierpnia zwolniono Blachnickiego z karnej kompanii, ponieważ przebywał w niej ponad cztery miesiące, a także z tego powodu, iż kontynuowano śledztwo w sprawie jego działalności konspiracyjnej.
Przebywał w kwarantannie, gdzie było nieco lepsze wyżywienie oraz istniała możliwość korzystania z opieki lekarskiej. Nigdy jednak więźniowie, którzy tam się znaleźli, nie wiedzieli dokąd zostaną skierowani.
W czasie pobytu Blachnickiego na kwarantannie nastąpiła śmierć ojca Maksymiliana Kolbego. Franciszek Blachnicki nie miał jednak okazji bezpośredniego zapoznania się z o. M. Kolbe.
Dla Franciszka Blachnickiego czas pobytu w obozie oświęcimskim był pełen dramatycznych odkryć i doświadczeń. Pisał o nich: W parę miesięcy po wybuchu wojny znalazłem się w obozie w Oświęcimiu. Jako ówczesny komendant jednostki podziemnej musiałem liczyć się z tym, że z dnia na dzień mogę się znaleźć w krematorium. Wówczas odczułem, jak niewiele wspólnego ma z życiem to chrześcijaństwo, które przejęliśmy wraz z wychowaniem. Moje chrześcijańsko-humanistyczne ideały nie wystarczały w tej granicznej sytuacji. Dlatego też obóz koncentracyjny przyniósł załamanie się wiary w człowieka, którego tzw. dobre maniery, wyniesione z cywilizowanego i kulturalnego świata, topniały jak śnieg w ogniu, w obliczu brutalnej walki o życie w obozowych warunkach. Odkrył, że istotą systemu obozów koncentracyjnych jest pozbawienie człowieka wolności nie w oparciu o prawo, lecz o arbitralną decyzję aparatu policyjnego.
Doświadczył w tym okresie wielkiego okrucieństwa i zła, które trudno pojąć. W obozie oświęcimskim w pełni zaktualizowała się bowiem metafizyczna definicja zła mówiąca, iż zło jest to po prostu brak dobra. Doświadczył tego, aby odkryć, że wszystko czym żył do tej pory nie wystarcza. Ideały, o których pisał w tarnogórskim więzieniu i wielkie plany, które snuł na przyszłość, uległy gwałtownemu załamaniu. Po latach napisał, że Oświęcim był to cały łańcuch cudów Opatrzności, z którego wyszedł ocalony - jak Daniel z jaskini lwów lub młodzieńcy z pieca ognistego.
ks. Adam
Wodarczyk
Fragment pracy magisterskiej pt."Ks. Franciszek
Blachnicki -życie i działalność w latach 1921-61".